Šiklův ústav patologie je od roku 1999 dislokován na dvou místech. Jednak v tradiční budově v areálu FN na Borech a dále v novém areálu na Lochotíně, kde byla vybudována Laboratoř speciální diagnostiky Šiklova ústavu.
Šiklův ústav patologie poskytuje především bioptickou službu pro Fakultní nemocnici, pro část Nemocnice dr. Mulače a nemocnici Privamed. Dále zpracovává bioptický materiál od řady ambulantních zařízení v Plzni a okolí.
Kromě rutinního bioptického a cytologického vyšetřování provádí celou řadu velmi specializovaných vyšetření. Jde zejména o odborně vysoce specializované biopsie jater, lymfatických uzlin a kostní dřeně, systémových onemocnění ledvin, dermatopatologie a onkologických onemocnění. K této diagnostice využívá imunohistochemické laboratoře, která patří k absolutně největším v České republice. Dále je k dispozici laboratoř elektronové mikroskopie využívaná zejména k rutinnímu vyšetřování ledvinných onemocnění a některých nádorů respiračního traktu. Ústav poskytuje 24 hodinový servis pro Transplantcentrum Plzeň, pro které vyšetřuje ledvinné štěpy a posuzuje tak vhodnost či nevhodnost dárce.
Specializací ústavu je rovněž laboratoř neonatální patologie, která se zabývá výskytem vrozených vývojových vad u plodů a jejich příčinami, čímž poskytuje cenné informace pro porodníky.
Na pracovišti je rovněž prováděno rutinně nekroptické vyšetřování.
Pracovníci ústavu produkují obrovské množství vědeckých prací, které jsou publikovány v nejprestižnějších zahraničních časopisech. Šiklův ústav patologie ročně zveřejňuje přes 90% vědeckých prací z oboru patologie z celé republiky, které jsou publikovány v impaktovaných zahraničních časopisech.
Publikační aktivitě odpovídá množství konzultačních vyšetření z celé republiky i ze zahraničí. Ročně je v ústavu vyšetřeno kolem 3 000 biopsii, které zasílají ostatní patologická pracoviště k tzv. druhému nebo třetímu čtení, což jasně ukazuje na vysokou prestiž ústavu.