Patologie se jako obor dělí na dvě části. Jednak na činnost nekroptickou, která se zabývá pitvami zemřelých a histologickým vyšetřením tkání zemřelých.
Druhou, mnohonásobně rozsáhlejší částí oboru je vyšetřování bioptických vzorků. Biopsie je drobná částka či větší část orgánu, která je odebrána chirurgem, endoskopistou, rentgenologem, apod. (např. pod CT kontrolou) a zaslána k určení diagnózy na pracoviště patologie. Zde je tkáň podrobena důkladnému rozboru a výsledek zaslán ošetřujícímu lékaři. Patologové tak provádí zcela zásadní rozhodnutí o povaze nemoci pacienta, například určují zda má nádor, pokud ano, je-li zhoubný, určí přesně jeho typ. Od jejich diagnózy se ve velké většině případů odvíjí další léčba a osud nemocného. K vyšetřování tkání se používá nejmodernějších, technologicky velmi vyspělých a nákladných metodik, jakými jsou imunohistochemie, molekulární genetika či elektronová mikroskopie.
Zcela speciální kapitolou je vyšetřování tzv. peroperačních biopsií. Jde o vzorky tkáně, které odebere chirurg přímo na operačním sále. Poté je odešle k vyšetření. Operatér čeká na výsledek. Materiál se zpracovává méně přesnou, zato však rychlou metodou, který vyžaduje velké zkušenosti patologa. Pacient je po celou dobu v narkóze. Podle výsledku je pak modifikován další postup operace.
Pro orientaci: v Šiklově ústavu patologie se ročně provede cca 800 pitev, cca 20 000 bioptických vyšetření a cca 1 000 cytologických vyšetření.
Šiklův ústav patologie je vědecky jednoznačně nejúspěšnější patologické pracoviště v republice, které publikuje ročně kolem 70 vědeckých prací, zhruba 20 v časopisech s faktorem impaktu (impact factor). Publikace jsou mnohokráte do roka citovány v nejprestižnějších světových časopisech.
Drtivá většina výzkumných projektů je velmi úzce spjata s rutinní diagnostickou praxí. Všichni vědečtí pracovníci pracují, kromě svých výzkumných projektů, velmi intenzivně v rutinní, každodenní diagnostice. Díky tomuto faktu mají zcela jasný pojem o tom, co je třeba zlepšit v diagnostice, kde jsou nezodpovězené otázky a cíle. Právě proto jsou vědecké práce týmu Šiklova ústavu tak úspěšné ve světě a jsou oceňovány pro svou reálnou vazbu na praktickou medicínu.